Emplina wordt bestuurd door een Dagelijks Bestuur en een Hoofdbestuur. Het dagelijks bestuur houdt zich vooral bezig met het financiële beleid en het organisatorische aspect van de vereniging. Het dagelijks bestuur is verantwoordelijk voor de dagelijkse leiding van de vereniging.

Organogram Dagelijks bestuur en hoofdbestuur met haar commissies: 

De organisatie is opgebouwd uit een aantal commissies en losse functies die het operationele gedeelte van de vereniging uitvoeren: